Absolwent Wydziału Inżynierii Lądowej i Geodezji Wojskowej Akademii Technicznej (2005), specjalizacja (w ramach indywidualnego programu studiów): Przetwarzanie danych teledetekcyjnych na potrzeby systemów informacji przestrzennej, studiów podyplomowych "GIS Fotogrametria i Teledetekcja w Gospodarce Narodowej, Obronie Kraju i Ochronie Środowiska" (WAT 2008) oraz studiów doktoranckich na Wydziale Geodezji i Kartografii Politechniki Warszawskiej (2010).

W roku 2012 obronił z wyróżnieniem rozprawę doktorską. Od roku 2013 adiunkt na Wydziale Inżynierii Lądowej i Geodezji WAT. Wcześniej służył w Wojskowym Centrum Geograficznych w Warszawie, gdzie był odpowiedzialny za projekty związane z geoinformatyką (był administratorem Serwera Informacji i Usług Geograficznych pk. „Geoserwer”).

Zainteresowania naukowe: systemy informacji geograficznej, modelowanie informacji geograficznej, informatyka geodezyjna w szczególności bazy danych przestrzennych i wykorzystanie metod inteligencji obliczeniowej (w szczególności sztuczne sieci neuronowe i systemy wnioskowania rozmytego) w geodezji, kartografii i GIS.

Płk dr hab. inż. Krzysztof Pokonieczny jest autorem 8 prac naukowych opublikowanych w recenzowanych czasopismach. Wygłosił 16 odczytów na konferencjach i sympozjach naukowych.